提高科学出版物中显微镜图像质量的全球指南

作为全球倡议的一部分，研究人员制定了在科学媒体上发表显微图像的指南。这些标准以清单的形式总结，构成了确保生命科学和医学领域已发表的生物成像数据易于理解以及相应研究可重复的基础。这是充分发挥其研究潜力的唯一途径。

这些结果由来自全球超过48个研究所的54名研究人员取得，并发表在《自然方法》上，可能会影响全球有关显微图像的出版实践。研究人员在光学显微镜仪器和图像质量评估和再现性(QUAREP-LiMi)全球倡议中组成了一个工作组。

EMBL以其数据和显微镜服务而闻名于世，长期以来一直是开放获取的支持者，这些指南通过标准化生物成像数据的共享方式帮助实现开放获取。

ChristianTischer是EMBL数据科学中心的团队负责人，他代表EMBL，在制定论文核心清单方面发挥了不可或缺的作用。

“为了以已发表的科学结果为基础，重要的是数据和相应的分析在科学上准确、可重复且易于获取，”蒂舍尔解释道。“对于基于显微镜的研究，范围包括出版物中图像数据的易读性、提供比例信息和对比度调整的负责任选择等问题，到在公共档案上共享图像数据以及在云计算平台上访问分析管道”。

每年在生命科学和医学领域发表超过一百万篇科学论文。其中大约三分之一包含图像，例如细胞或组织的显微镜数据。然而，大多数这些图像无法被目标受众完全理解，因为缺少关键信息，例如有关所使用的尺度的信息。此外，许多人缺乏关于显微镜数据到底是如何产生的信息，从而阻止其他研究人员复制可比较的显微镜数据。

现在，作为全球QUAREP-LiMi计划的一部分，该专家工作组制定了沟通指南，特别是针对显微镜图像和图像分析数据的指南。

“世界各地的科学家和领先的科学期刊都表示迫切需要制定显微镜图像的出版标准，”负责该指南的工作组发起人、该科学论文的作者、美国国家科学院院士HelenaJambor说。德累斯顿肿瘤疾病中心(NCT/UCC)和德累斯顿大学医学院。

“这些指南需要由研究人员制定，因为他们最了解哪些质量标准对他们的工作特别重要。我们现在已经成功地达成了广泛的共识，其中包括来自许多世界领先生命科学研究所的研究人员。”

该小组的清单提供了一些非常具体的指导，例如，确保选择相关的图像部分、在荧光显微镜图像中命名颜色通道以及色盲读者可以区分所选择的颜色。

该小组知道许多出版物也提供图像分析的结果，因此规定作者准确描述数据的生成方式，例如使用了哪些软件解决方案和设置，以及可用于检查结果的样本数据。一般来说，图像应在适当的数据库中提供给科学界，以便它们可用于进一步的研究。

该研究论文的第一作者、米兰人类科技基金会和莱布尼茨分子药理学研究所(FMP)的科学家克里斯托弗·施密德(ChristopherSchmied)表示：“该指南针对所有使用光学显微镜的研究人员，从初学者到专家，无论是初学者还是专家。”)在柏林。“它们使得图像和图像分析结果的发布能够满足高质量标准，具有可重复性，因此是可信的，并为进一步的研究项目提供了良好的基础。”

在清单中，标准分为三个级别，以便用户可以在良好生物成像数据通信的最低要求、推荐要求和理想要求之间进行选择。“我们的目标是让领先的科学期刊使用该标准作为出版的约束性标准，”詹博尔说。“这种机会很大。全球倡议的成员正在不断更新清单。我们还将开发显微图像的沟通培训材料和教程。”

蒂舍尔说：“我们希望，随着科学家和科学期刊的不断采用，我们能够建立一种文化，使生命科学研究能够通过以清晰、一致的方式共享生物成像数据所带来的透明度，更轻松地取得进展。”“对于像我这样还培训生命科学家管理和分析生物成像数据的人来说，我们也可以在我们的课程中进一步传播这些信息。”

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