植物病原体生命之树组装

北卡罗来纳州立大学的研究人员开发了一种新的在线工具——据报道是同类中第一个用于植物病原体的工具——帮助全球研究人员识别、检测和监测疫霉属物种，这些植物病害从毁灭性的1840年代的爱尔兰马铃薯饥荒导致橡树突然死亡，这仍然困扰着西海岸的橡树种群。

新的病原体“生命之树”提供了超过192个正式描述的物种的信息，包括它们的进化历史和群体内的关系，以及30多个其他非正式描述的分类群。它还包括来自每个物种基因组上几个位置的基因序列数据。其他数据包括每个物种的全球位置、承载病原体的植物，以及病原体在其植物宿主中或植物宿主上的驻留位置。

“我们正在使用我的同事IgnazioCarbone开发的基于树的比对选择器(T-BAS)工具包，将所有已知的疫霉属物种放入活的‘生命之树’中，”William的JeanRistaino博士说NealReynolds是北卡罗来纳州立大学植物病理学特聘教授，也是PLOSONE上一篇描述该工具的论文“Anopen-accessT-BASphylogenyforemergingPhytophthoraspecies”的通讯作者。“研究人员可以将新出现的威胁物种放入开放获取树中，并查看哪些群体正在扩大和进化。”

“还开发了一个搜索引擎，以根据与已知谱系的遗传距离来识别致病疫霉的微卫星基因型。T-BAS工具提供了一个可视化框架，允许用户将未知分离株置于所有疫霉属物种的策划系统发育中。至关重要的是，树可以在描述新物种时实时更新。该工具包含元数据，包括进化枝、宿主物种、底物、性特征、分布和参考文献，这些元数据可以在树上可视化并下载用于其他用途。

“这种系统发育资源将允许研究小组之间共享数据，该数据库将使全球疫霉属社区能够上传序列并确定分离株在更大系统发育中的系统发育位置，并下载序列数据和元数据。该数据库将由疫霉研究人员社区管理，并存放在北卡罗来纳州综合真菌研究中心的T-BAS门户网站上。

“可以利用T-BAS网络工具为其他卵菌、细菌或真菌病原体创建类似的元数据增强系统发育。”

预防疾病爆发的真正关键是在爆发发生之前抓住信号，”负责北卡罗来纳州新兴植物病害和全球粮食安全集群的Ristaino继续说道。“T-BAS可用作疾病监测和确定可能出现的下一个新谱系的工具。研究人员可以查询这个数据库，这棵树就会包含新物种。”